H5py支持Parallel HDF5

环境

操作系统：OS X 10.11.6

Python版本：3.6.5

安装HDF5

使用 Homebrew 安装 HDF5，注意要开启 mpi 编译选项

$ brew install hdf5 --with-mpi

安装mpi4py

官网教程在使用 Parallel HDF5 时会用到 mpi4py 这个包，直接使用 pip 安装即可

$ pip3 install mpi4py

Note: 安装遇到一个问题是，如果之前安装过这个包，现在卸载再安装这个包时，pip 不会重新编译这个包，此时需要 --no-cache-dir 这个选项。

$ pip3 install --no-cache-dir mpi4py

安装h5py

直接使用 pip 安装 h5py 是不会开启 Parallel HDF5 的，需要添加一些编译选项，参考官网安装教程，运行命令

$ export CC=mpicc
$ export HDF5_MPI="ON"
$ pip3 install --no-binary=h5py h5py

同前面所诉，如果需要重新编译这个包，需要用到 --no-cache-dir 这个选项

$ pip3 install --no-cache-dir --no-binary=h5py h5py